Medipol Başakşehir, Bekir İrtegün'le yollarını ayırdı. Lacivert Turunculular'dan yapılan açıklamada, "Kulübümüz ile 31 Mayıs 2018’e kadar sözleşmesi bulunan oyuncumuz Bekir İrtegün’ün sözleşmesi karşılıklı olarak feshedilmiştir." denildi.
Fenerbahçe'yle sözleşmesi sona erdikten sonra 2015-16 sezonunun başında Medipol Başakşehir'e transfer olan Bekir İrtegün, İstanbul ekibiyle 54 lig maçına çıktı. Bekir bu maçlarda 4 gol attı.
Bekir'in, İstanbul Başakşehir Futbol Kulübü ile 31 Mayıs 2018'e kadar sözleşmesi bulunuyordu.
Atatürk Havalimanı'nda pasaport kontrolünden geçemeyen Bekir, Slovenya kampına katılamamıştı.